Руководство агентства считает, что сотрудничество с «Экспертом» «несёт в себе недопустимо высокие репутационные риски» из-за постоянных упоминаний о финансовых проблемах холдинга. В частности, за последние годы он задолжал самому RAEX около 55 миллионов рублей. Кроме того, «были зафиксированы попытки давления на сотрудников агентства со стороны руководства холдинга с целью улучшения рейтингов близких журналу структур», а подготовленные агентством материалы зачастую публиковались с задержками или с несанкционированными правками.

Изначально рейтинговое агентство «Эксперт РА» входило в состав медиахолдинга «Эксперт», однако за период с 2009 по 2013 год он продал большую часть акций агентства. Сейчас ему принадлежат лишь 24,5 % компании, в связи с чем в агентстве считают, что уже нельзя заявлять о его принадлежности к холдингу.